民盟衢州学院总支部由原民盟衢州学院支部发展而来，成立于2017年12月，蔡建臣任第一届主委；2025年5月进行换届选举，杨建辉当选新一届主委，现有民盟盟员36名。近年来，民盟总支部围绕同心博士创新站建设积极打造服务品牌，自2019年开始，民盟衢州学院总支部先后成立“浙江江山华宁电器有限公司博士工作站”、“衢州极目光电科技有限公司博士工作站”浙江康普化工有限公司博士工作站”等9家博士创新工作站，实现科研到款500万元，为学校学生提供实习岗位100余个，推动学生就业10余人，联合企业攻关技术难题20余项，联合申报国家专利40余项，新增产值7000多万元。2018年总支部获民盟衢州市委会“见证初心”经典朗读活动集体三等奖；2021年总支部获评浙江省委会“人才工作先进集体”；2023年获民盟省委会五星级盟员之家、民盟衢州市委会先进基层组织；2024年获市级年度先进基层组织。